文章题目：肠道化生的时空基因组分析揭示胃癌进展中的克隆动态
发表时间：2023年第12期
期刊名称：Cancer Cell
影响因子：5.03
实验平台：单细胞测序、GeoMx DSP、全外显子测序（WES）、大规模RNA测序
面板：定制胃癌基因组面板（277个基因，来源于TCGA及其他研究中报道的与胃、食道和结直肠癌相关的突变基因）

01 样本信息
① 患者信息：研究样本包括2980名年龄在50岁及以上的中国患者。
② 时间跨度：从2004年到2015年。
③ 取样区域：涵盖多个胃区域，包括幽门、胃体和贲门。

02 单细胞空间组学的应用
在本研究中，首先通过对10名非癌症受试者的单细胞RNA测序（scRNA-seq），鉴定出四种主要细胞系，分别为胃细胞群、肠道细胞群、免疫细胞群和基质细胞群。围绕胃和肠的谱系进行亚群注释，识别出两种胃细胞及四种肠细胞。细胞比例分析显示，肠道细胞与胃细胞的比例减少与肠道化生（IM）严重程度呈正相关。另外，SOX9在特定细胞类型（胃LYZ+细胞和肠道干细胞）中的表达显著增高，这在大规模转录组数据中得以证实。

GeoMx DSP技术被用于对8例胃癌患者的组织切片进行分析，结合scRNA-seq数据以确定细胞类型的空间分布。研究发现，每个IM区域可标记为“干细胞显性”或“肠细胞显性”。富集分析表明，干细胞显性IM区域显著过表达氧化磷酸化相关基因，这一基因集在胃癌区域同样表达明显。从肠干细胞和肠细胞的标记物进行的分层聚类分析显示干细胞显性IM与胃癌细胞群具有相似的表达特征，而肠细胞主导型IM则展现出明显的异质性，这表明即使在同一患者中，IM的表现也存在显著差异。

文章小结
本研究通过结合单细胞空间数据分析，明确了肠道细胞与胃细胞在IM严重程度方面的关联，发现干细胞显性IM与恶性细胞群具有相似的表达特征。其中，SOX9在胃LYZ+细胞和肠道干细胞中特别高表达，为进一步研究胃癌进展提供了重要线索。PG电子致力于推动生物医疗领域的研究与发展，助力健康生活。