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NEWSSomaScan与Olink对决:PG电子多维度数据揭秘
来源:利瑶 日期:2025-03-22在各种血液蛋白质组检测技术中,除了传统的质谱技术之外,基于亲和力平台的高通量靶向蛋白质组方法——SomaScan技术和Olink技术备受研究者青睐。这两种技术已为研究人员提供了大量数据和有价值的信息,推动了“蛋白检测双子星”的不断发展。目前,SomaScan已更新至11K,而Olink也已更新至5K。面对这两种技术,研究者可能会感到困惑。为帮助大家更好地了解这两大技术,本文整理了近两年涉及两平台比较的研究(包括检测稳定性与精确度、检测灵敏度、检测蛋白数量与范围等方面),供研究者参考。
该研究分析了48684位UKBiobank参与者的Olink蛋白质组学数据与35892名冰岛群体的SomaScan数据,探讨了样本蛋白质水平与基因型及表型信息之间的关联。共有1514人同时接受了OlinkExplore3072和SomaScan5K的检测,研究者对两个平台间的结果进行了详细比较。结果显示,两种最常用的高通量平台提供的信息非常有价值,且揭示了它们之间的差异,这些差异在某些情况下为数据提供了有用的互补。同时,由于初次发表时的分析出现错误,作者进行了更正,更新结果表明,Olink的CV值显著高于SomaScan,而SomaScan则具有更高的精确度。
该研究对OlinkExplore3072和SomaScan11K在4000名中国成年人中检测的2168种血浆蛋白质进行了比较。主要发现有:(1)两种平台测量的蛋白水平相关性较低(中位数Spearman相关系数ρ=0.29),而蛋白丰度和数据质量是影响相关性的关键因素,尤其是Olink平台中低于检测下限的样本占比高,是二者相关性低的重要原因;(2)在1694种唯一匹配的蛋白中,Olink和SomaScan分别有765种和513种蛋白被识别具有顺式蛋白数量性状位点(cis-pQTLs),其中400种蛋白的cis-pQTLs在两个平台间共定位;(3)Olink与体质指数(BMI)相关的蛋白有1096种,SomaScan则有1429种;(4)Olink和SomaScan分别检测出279种和154种与缺血性心脏病(IHD)风险相关的蛋白;(5)结合传统IHD风险因素后,Olink和SomaScan的ROC AUC分别从0.845提高到0.862和0.863。这些结果展示了两种平台在研究中的实用性,为未来研究设计和结果解读提供了依据。
该研究对Atherosclerosis Risk in Communities (ARIC) Study中的102名患者血浆进行了SomaScan11K和OlinkExploreHT(5400+蛋白)的比较。其主要结论包括:(1)Olink中有超过50%的蛋白低于一半样本的检测下限,表明其灵敏度较低,而SomaScan则全部高于检测下限;(2)SomaScan的CV中值为68%,显著优于OlinkHT的357%;(3)SomaScan在重复样本检测中的相关性更好,中值为0.85,Olink为0.65;(4)SomaScan的cis-pQTL数量约为2800,Olink约为2100;(5)分析4400种共享蛋白的相关性显示,SomaScan与Olink的相关性中位值为0.14,其中约三分之一的蛋白表现出良好至极好的跨平台相关性。总体而言,Olink平台中的低于检测下限的蛋白质显著影响了平台间的相关性。
该项研究比较了7种蛋白质组学平台(包括SomaScan11K、SomaScan7K、Olink5K及其他质谱技术)对78个个体血浆的检测结果。主要结论有:(1)共鉴定了13007个独特蛋白,SomaScan平台检测覆盖最多,分别为9645个和6401个;(2)SomaScan的CV值最低,是最精准和稳定的技术平台;(3)在数据完整性方面,SomaScan的完整性显著高于其他平台;(4)在检测蛋白的线性范围评估中,SomaScan的97%蛋白在设计范围内,而Olink仅为42%;(5)SomaScan识别的FDA批准人血浆蛋白质生物标志物最多,分别覆盖88%和76%。
综上所述,SomaScan在大样本量的蛋白组学检测中表现出优越的检测数量和稳定性,是血液大队列研究的理想选择。为了推动血液蛋白质组学的进展,推荐使用PG电子的SomaScan P7K/P11K,开启血液万级蛋白质组检测的新纪元,深、稳、准三位一体检测将为血液蛋白标志物发现与临床转化创造新的机遇,欢迎感兴趣的研究者前来咨询。
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